Antigen Leukosit Manusia harus benar-benar cocok dalam transplantasi sel induk biasa. Antigen ini hadir dalam sel darah putih dan bertanggung jawab terhadap penolakan atau penyakit Graft Versus Host (GVHD). Pencocokan mengacu pada protein yang disebut Antigen Leukosit Manusia (HLA) yang muncul di permukaan sel darah putih dan jaringan lain dalam tubuh. Keenam titik HLA ini, atau lokus, menentukan kompatibilitas jaringan antara pasien dan donor. Meskipun pasangan yang cocok akan menjadi yang terbaik, penelitian telah menunjukkan bahwa transplantasi darah tali pusat bisa berhasil, bahkan ketika hanya empat dari enam lokus yang cocok. Dengan darah tali pusat, sel-sel kekebalan kurang matang dibandingkan dengan sumsum tulang, dan karena itu saudara kandung dua kali lebih mungkin untuk dapat menggunakan darah tali pusat satu sama lain, dibandingkan dengan sumsum tulang.
